但秦以后，最初的巴人却在历史上失踪了，只剩下史书上的点点遗记。

三国时，诸葛亮专门从巴人地区征召了一支古代的特种部队"三千连弩士"，长期驻扎在汉中，那连弩，也不是被神化了的诸葛丞相发明的，而是巴人氏族部落的致命武器。巴人 连弩士成了诸葛亮大军的王牌威师，射杀曹魏名将张合就是他们干的绝活。弩奇士的神话因此流传了很多年。

到宋代，当蜀境一些少数民族起兵反叛，而官军屡战不胜时，朝廷首先就想起"歌舞以凌、殷人大溃"的巴人，将他们冠以"忠义胜军"的称号招募来，果然一战平定蜀乱。南宋 政和年间，蜀中茂州发生叛乱，驻守成都的将帅周焘一筹莫展，大诗人苏东坡的侄儿苏元志去献策，说："只要招募巴人子弟去作战，不用多，只消几千人，就必胜无疑！"周焘 采纳了这个建议。果然，很快反叛者就投降了。宋徽宗听说了这个消息非常高兴，下旨让巴人教授那些不会作战的官军们，叮嘱"直到教会为止！" 至明时，巴人后裔仍显示出骁勇善战的特性。明嘉靖年间，因官军的无能，应皇帝征召，湘鄂西各路土家土司率本部土家兵慷慨奔赴东南沿海，其中容美（今鹤峰）土司王田九霄 与其年过八旬的老父田世爵出兵万余人，一举击败倭寇，明世宗亲自为诸土司颁赐"东南第一战功"匾额。这也是史上少见的对倭寇的爽快胜利。

而且三峡地区历史上先后出现过6次大规模的移民潮，也冲击着巴人的生存空间。这最早可追溯到夏末商初，《山海经》载："（夏）耕……乃降于巫山。"这是指中原地区的夏耕 部族，在与其他部落的战争失败后，从千里迢迢的中原来到巫山即今天的三峡地区。而离今最近的移民潮是历史上两次着名的"湖广填四川"。到近年三峡工程迁建、蓄水，原来 居住在秭归、巴东、巫山、奉节、云阳、万县、涪陵等巴人核心区的居民100多万人，因为环境容量的问题，大部分被外迁，分散到全国20多个省、市、自治区。似乎是上天注定了 巴人及其后裔们万年漂泊的命运。